この場合、次のような言い方ができますよ。
ーCan I just get a glass of that wine?
「そのワインをグラスでもらえますか？」
ーDo you sell that wine by the glass?
「そのワインはグラスで売っていますか？」＝「グラスでもらえますか？」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
「グラスでもらえますか」は英語で「Can I get a glass of that?」になります。
もっと具体的に言ったら、「ワインを」＝「wine」や「ボトルじゃなくて」＝「not a bottle」と言います。
「Can I get a glass of that wine, not a bottle of it?」
「not a bottle of it」の代わりに「instead of a bottle」を言っても大丈夫です。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
