Do you know what A and B the difference between those is?は間違っています。
この場合、次のように言うと良いですよ。
ーDo you know the difference between A and B?
「AとBの違いを知っていますか?」
ーCan you tell the difference between A and B?
「AとBの違いがわかりますか?」
What is the difference between A and B?「AとBの違いは何ですか?」でももちろん大丈夫です。
ご参考まで!