Which theory is the best? =どの説が一番？
説= theory
Which theory is most plausible? =どの説が一番もっともらしい？
plausible =もっともらしい、妥当
Which do you think is right theory? =あなたはどの説があっていると思う？
「あなたの意見は」と言うのを強調したいのであればしっかりyouを入れましょう。勿論上のフレーズ達と組み合わせても大丈夫です。
which theory in your opinion is the most influential?
influentialはinfluenceという言葉からきたものです。influenceは名詞で「影響」という意味を持ち、influentialは形容詞でその意味は「影響力のある（ようなもの）」や「影響を与えた（ようなもの）」です。
Donald Trump is the most influential person in the world right now.
ドナルド・トランプは現在世界で最も影響力のある人物だ。
in your opinionは直訳すると「あなたの意見では」という意味になります。ちなみに、「わたしの意見では」「わたしが思うには」はin my opinionで、インターネット上ではIMOという略した言葉で使われることが多いです。
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhich theory do you think is most likely?
「どの説が一番有力だと思いますか？」
ーWhat theory is most probable in your opinion?
「あなたの意見では、どの説が一番有力ですか？」
ここの「有力」は likely や probable を使って言うと自然で良いでしょう。
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
ポーランド 
カナダ 
