「姉が腰が痛いと言っていた」と言う場合、次のように言うと良いですよ。
ーMy sister said she had a backache.
ーMy sister said she had a sore back.
のように言うと良いでしょう。
どちらの文も、お姉さんは今も腰が痛いかもしれないし、今は痛くないかもしれない、どちらにも取れます。
ーMy sister said she has a backache. と言うと、腰はまだ痛い確率が高いです。
ーMy sister says she has a backache. と言うと、腰は今も痛いです。
ご参考まで!