The company you work with and the insurance company I am with have kept discussing whether to continue their partnership.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
The company you work with and the insurance company I am with have kept discussing whether to continue their partnership.
とすると、『先生の提携している会社と私が入っている[保険会社](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/68575/)はパートナーシップを続けるかどうかをずっと話し合っています。』となります。
その眼科医が経営する会社であれば、Your company といってもOKです。
参考になれば幸いです。