この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI'm going to let him know I have booked separate rooms, so he doesn't get the wrong idea.
「彼が勘違いしないよう、別々の部屋を予約したと彼に知らせよう」
to book separate rooms で「別々の部屋を予約する」
to get the wrong idea で「勘違いする」
「勘違いするといけないので」なら in case one gets the wrong idea のように言えます。
ご参考まで！
To avoid any misunderstanding, I'll tell him that we’ll be staying in separate rooms.
ご質問ありがとうございます。
・「To avoid any misunderstanding, I'll tell him that we’ll be staying in separate rooms.」
（意味) 彼が勘違いするといけないので、あらかじめ部屋は別にすると伝えておこう
<例文>To avoid any misunderstanding, I'll tell him that we’ll be staying in separate rooms.// I would do that too.
<訳> 彼が勘違いするといけないので、あらかじめ部屋は別にすると伝えておこう。//私も同じことしてると思う。
参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
