It seems like fall swept by and it's already winter.
It seems like fall passed by and it's already winter.
It seems like fall surpassed us and it's already winter.
秋は確かに短いですね。心地いい季節なのですがね。
swept by
passed by
surpassed us
通り過ぎた、という意の表現ですね。「いつの間に」というニュアンスをさらに"already"という言葉を使うことで表現しています。もう少ししたたかな表現をするならば"winter"の代わりに"cold"などというとよいでしょう。