He wasn't meant to be portrayed as a handsome character.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーEven though lots of girls like him in the anime, he wasn't meant to be portrayed as a handsome character.
「彼はアニメの中でモテているけど、ハンサムキャラの設定ではなかった」
to be portrayed as a handsome character で「ハンサムなキャラクターとして描かれる」
ご参考まで!