"Do you mind if ~?"
→「~でもいい?」
「時間は~時でもいい?」「御飯は~でいい?」「頼むのは~でいい?」と日常生活においてフランクに何かを頼むときに良く用いる表現です。なおより丁寧に言う場合は"would you mind if ~?"ですね。
"set ~ at ~"
→「~時に~を予定する」
予定などを立てるときに用いる表現です。会議や打ち合わせの時間を決めるときに用いましょう。
お願いをする場合は、Couldを使いますが、一緒に何かをしたいときは「Could we○○」を使います。
打ち合わせをする=to have a meeting
夜遅くに=late at night
なので、「夜遅めの打ち合わせでもいい?」はCould we have a meeting late at night?と言います。