Make sure that the black line and the pin line up.
Please check to see that the line painted in black and the pin are aligned.
The black line and the pin shall be aligned.
線やピンがどんなものかわからないので、これで合ってるかどうかわからないのですが・・・。
「合う」ときいて最初は"matched"と思ったのですが、これは形が合うとかデータを一方ともう一方のが合ってるかどうか、というようなニュアンスで、物理的に位置が合うなどには使えないかと思い、こうしました。
一つ目は「黒い線とピンを合わせるように」ということですが、
"line up"で「まっすぐにする」という感じです。
二つ目も同じようなことなのですが、"aligned"という言葉を使いました。線の方も「黒く塗られている線」とあったので、そのようにしました。最初のは単に「黒い線」としました。"black line"で通じる感じの線であればそれでもいいと思いますし、それでは曖昧で「塗られている」ということが大事であれば、二つ目のようにしたらいいかと思います。
上二つは人に話す場合に「~してください」という時に使えますが、もし文書の標準、基準などの文書であれば、最後のように書くのが普通かと思います。"Shall"で何かがこうあるべき、という意味で、「~であること」という時に使えます。
もし線が複数あってピンもたくさんあって一対一で並ぶのであれば、
"Each black line and pin shall be aligned."
とか他の言い方もあるかと思います。