回答
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That building has a (major/serious) design flaw.
設計上の誤りは英語で
Design Flaw
と言います。flaw というのはその物を成立させなくなるような間違いや欠陥のことで、Flow Chart(フロー・チャート)のFlowとは異なりますのでご注意ください。
特定の建物について言及する場合には例文のように The/That/This building を主語にして、動詞の have で受けてください。There is/are という言い方も場合によれば、もちろん可能です。
最近ではスマホや冷蔵庫が爆発する物騒な例などもありますが、できたら身の回りでお目にかかりたくないものですね。
ご参考になれば幸いです!