I'm always thinking about you and hoping you are enjoying your work
「お仕事応援してます」= I hope you are doing well and enjoying your work / I'm always thinking about you and hoping you are enjoying your work
「応援する」は確かに、「root for」、「cheer for」、「support」という英語になる場合がありますが、「競争的」なニュアンスがありますのでこの文脈で違う言い方を使った方が良いと思います。例えば、サッカー試合を見ている時に「I'm rooting for ~/I'm cheering for ~」(=~を応援してえいる)などの言い方を使えますが、誰かの仕事の話をする場合、違う言い方が必要だと思います。
言いたいのが「頑張ってほしい、楽しんで欲しい、成功してほしい」というニュアンスであれば、こちらの言い方を使えます。
I hope you are doing well and enjoying your work
I'm always thinking about you and hoping you are enjoying your work
<ボキャブラリー>
doing well = 元気でいる
enjoying your work = 仕事を楽しんでいる
このフレーズを英語で言うとまず「お仕事」と「応援する」の二つの言葉を分けて言いましょう。
Work hard! I'm rooting for you! というのは、「お仕事頑張れ!応援してるよ!」と言う表現です。All the best for your job! I'm rooting for you! も同じ意味です。
この文脈では「Cheering」か「Supporting」をいうと少し違和感が出ると思いますので「Rooting」を使いましょう。