回答
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Check them in order starting from the top shelf.
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Start from the top shelf, and check them in order.
英訳1:「確認する」は check でOK。「順に」は、in order を使うのが自然です。
「〜から始める」という表現の starting from ~ で続けます。条件を添える目的で使う分詞構文です。
英訳2:「上の本棚から始めて」と「順番に本を確認して」を and でつないでも表現できます。
回答
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Please check from the top row of the shelf.
本棚の一番上の段から探してください。
というのが直訳となります。