直接会ってお礼を言いたかったって英語でなんて言うの？

meetそれだけで直接会う事になりますが一文目ではface to faceを付けて強調しました。
appreciateはthank you に比べて少し大人的な言い方になります。（thank youは小さな子供でも使用しますので）

直接会ってお礼を述べたいです。

もし、「直接あってお礼を述べたかったが、できなかった」場合は
I wish I had said thank you in person.
直接お礼を言いたかったよ。

参考になればm(＿)m

I wanted to say thank you in person.
直接会って、ありがとうを伝えたかったんです。

I just wanted to say thank you.
ただ、お礼を伝えたくて。。
という表現はとてもよく使います。

"in person"は「直接に」「個人的に」というような意味あいです！