「日本の交通機関は分単位で時間どおりです」は
The Japanese transportation system is punctual by minutes.
ですか？
調べるとby / in / of minutesがとあり、使い分けがよくわかりません
あと、minutes をyears, days, hours, secondsにしても使えますか？
They adjust their watches accurately before they leave.
The Japanese transportation departure/arrival schedules are very accurate.
Naokiさんの英訳でも十分伝わりますよ。 GJ!!
by second, by hour, by day, be week などのようにby minute と単数形にしてくださいね。
その他にも
１番目、on time 時間通り（in timeは、時間内）
２番目、they（運転手など）は出発する前に時計を正確に合わす。
３番目、日本の運行スケジュールは、とても正確です。
punctual と accurate の違いは、前者は「キチンとしている」という意味で正確さを表しています。 後者は「精密な」という意味で正確さを表しています。
また前置詞によっても意味が少し変わってきますね。
by minute （分ごとに～をカウントします）
in minute（時間内（分内）＝ほんの少しの間で)
in a minute（１分だけ＝チョット待って！）
of minute(s) (～の分（間）例： minute of silence (静けさの時間）逆にすると silence of minuteだと「時間の静けさ」（詩的・情的）
every minute（毎分）
every 10 minutes（１０分ごと）
単位として考えるなら単数形、時間と考えるなら単数形（１分）か複数形（２分以上）と思っておけば大丈夫です(^-^)/
お役に立てば幸いです☆
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>分単位、時間単位
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一般的には、「minutes」、「hours」で大丈夫です。
状況にもよりますが、「単位」を言及する必要は、必ずあるとは限りません。
（物の数を示す、「個」、「本」、「枚」、などが、
英語ではあまり使われないと同じように。）
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>「日本の交通機関は分単位で時間どおりです」
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続いて、こちらを英語にすると、以下になります：
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「The Japanese transportation system is punctual down to the minute.」
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minuteの直前にある「down to the」ですが、
これは、何かの「正確さ」を強調するときに使う表現です。
例：
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Barry's watch tells time down to the millisecond.
バリーの腕時計は、ミリ秒単位まで表示される。
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続いて・・・
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>調べるとby / in / of minutesがとあり、使い分けがよくわかりません
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こちらについて、「分単位」をどう訳すかというよりも、
「by」、「in」、「of」などの「前置詞」の意味に関する質問となってしまうかなと思います。
そして、どうしても、非常に長い説明となってしまうので、
ここでは書きませんが、例文をいくつか挙げますね。
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分単位で数えてください。
Please count in minutes.
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料金は時間単位で計算される。
The fee is calculated by the hour.
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何時間の作業だった？
How many hours of work did you do?
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「前置詞 英語」をググると、検索結果が40万以上なので、
参考になるような記事は絶対にあるかと思います。
それでは、頑張ってください～☆
日本 
アメリカ合衆国 
