時給1000円。15分単位で給料が計算され
3時間15分したら、3250円。
You are paid by 15 minutes
by the minuteは聞くが１５分という特定の数字とby を使えるか。
per 15 minutesはおかしい気がする。
もしくはYour working hours are counted every 15 minutes か
教えてください。
「１５分単位で」は英語で「in 15 minute intervals」か「in 15 minute periods」と言います。「every 15 minutes」も言えますが、そのニュアンスは「15毎に」に近いと思います。buddさんが言った通り「Your working hours are counted every 15 minutes」は正しいので是非使ってください。
１５分単位で給料が発生するシステムです。
It's a system where your hours are counted in 15 minute intervals.
カナダ 
