「対立する」→「To antagonise」、「To confront」
「協働する」→「To cooperate」、「To work together」
「この仕事では、相手と対立するのではなく、協働することが重要です。」を英語に訳すと、
「In this job, it's important to not confront the other party, but to work together/cooperate.」
と表現しましょう。
In this company, cooperation is more important than argument.
お仕事の場での「対立」ということですので、つまりは「意見の食い違い」のことだと理解しています。それゆえ今回は、conflictよりもargumentの方を使わせていただきました。そしてもちろん「協働」はcooperationですが、動詞よりも名詞でまとめた方がすっきりしているので、必ずしも日本語英語の対訳ではない点に注意してください。
「この仕事では」の部分ですが、2つの意味に取れますので、いずれかを具体的に説明してください。もし「この仕事=この会社」であるなら、In this company,とし、もし「この仕事=このプロジェクト」であるなら、In this project,としてください。ひょっとしたら、ユウジンさんのおっしゃる通り「業界」を示すなら、In this job,とするのが良いかもしれませんね。