日本では洪水はほとんど起こりません。って英語でなんて言うの？

「rarely（めったに〜しない）」という「頻度を表す副詞」を使って、下記のように素直に英訳すれば良いと思います。

Floods rarely happen in Japan.

ちなみに、この頻度を表す副詞は他にもたくさんあり、その「頻度の大きさの程度」によって適切な使い分けが必要となります。

例えば、「always（常に；100%）」、「usually（たいてい；80%ぐらい）」、「sometimes（ときどき；50%ぐらい）」、「rarely/seldom（めったに～ない；20%ぐらい）」、「never（決して～しない；0%）」などがあります（注：数字はざっくりとした目安です）。

「日本では洪水はほとんど起こりません」というのは、このようになります。

It hardly ever floods in Japan.
hardly everは「ほとんど～ない・めったに～(し)ない」という副詞です。
hardly everのほかに、rarely、seldomなども入れ替えて使えます。
この場合のfloodは動詞として「水浸しにする」という意味です。

There aren't many floods in Japan.
We don't really have floods in Japan.
この2つの文はどちらも「日本では洪水はあまりない」という意味です。

おっしゃられている内容は、以下のように表現することが出来ます(^_^)
There aren't many floods in Japan.
「日本には多くの洪水がない」
We don't have many floods in Japan.
「(直訳)　私たちは日本に多くの洪水を持っていない」
Floods rarely happen in Japan.
「洪水は日本にめったに起こらない」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)