入れ替わってる〜！？って英語でなんて言うの？

「They've switched bodies with each other!」というのは、

「彼らは体が入れ替わってる」という表現です。単純に「入れ替わってる！」といいたいときに、「They've replaced each other!」、「They've switched with each other!」、「They've switched!」で表現できます。が、「They've switched!」をいうときに相手が文脈がわからないとややこしくなる場合もありますので気を付けて使いましょう。

「君の名は」のイメージですね。

体を交換するという意味で、exchange our bodiesを使いましたが、
そのままだと自分の意思で入れ替わった（取り替えた）ことになるので、

《have + 目的語 + 過去分詞》による受け身（...される、...してもらう）

を使い、現在完了形にして「入れ替えられてしまった」という形にします。

驚いた（信じられない！という）感じを疑問文にしました。
ご質問も「入れ替わってる〜！？」なのでこれでいいのではないかと思います。

余談ですが、30年以上前にも同じように入れ替わる「転校生」という映画がありました。

私たちの心が入れ替わっている。

君の名は　のイメージだとすると、体というよりも心が入れ替わった（身体は移動していないので）とする方が自然かなと思いましたので、
その場合だとmindがswitchしていると表現しても良いと思います(^_^)

switch/swap =入れ替える

入れ替わってる〜？！= Have we switched?!

何が入れ替わってるのかを明確に伝えるのであれば Have our bodies swapped?!と「何が」入れ替わってるのかしっかり言うといいでしょう。

日本でも身体が入れ替わってる系の映画やドラマはたくさんあると思いますが、アメリカでは “Freaky Friday” という親子が入れ替わる映画が有名です。リメイクされたり、今もパロディーの歌が流行っているくらいなので “Freaky Friday” ＝身体が入れ替わっているという話で伝わります。