注文する側は
"Three packs of 6-piece Takoyaki, please."
"Three packs of Takoyaki with 6 pieces each, please."
またはシンプルに
"Six pieces, three packs, please." と言っても通じると思います。
お店側からとしては、一文で尋ねるなら
"How many packs in which size of Takoyaki would you like?"
などになると思いますが
"How many packs?"
"Which size?"
と聞いていいと思います。
「○個入り」は"size"と言い換えても良いかもしれません。