◯◯個入りを◯個くださいって英語でなんて言うの？

注文する側は
"Three packs of 6-piece Takoyaki, please."
"Three packs of Takoyaki with 6 pieces each, please."

またはシンプルに
"Six pieces, three packs, please."　と言っても通じると思います。

お店側からとしては、一文で尋ねるなら
"How many packs in which size of Takoyaki would you like?"
などになると思いますが

"How many packs?"
"Which size?"
と聞いていいと思います。

「○個入り」は"size"と言い換えても良いかもしれません。

6個入りを3パック
3 packs of 6

8個入りを5パック
5 packs of 8

「八個入り」や「六個入り」が名詞になるので
packs of XXとなります。

丁寧にいうと
3 packs of 6 takoyaki.
5 packs of 8 eggs.
などとなりますが、目の前に商品があって対象が明らかな場合3 packs of 6などと短縮すことが多いので慣れておくといいと思います。
逆にたこやきやさん、卵屋さんではなくいろいろなものがある店頭だったらしっかりとtakoyaki, eggsまで指定したほうがいいでしょう。