I applied for a Certificate of Graduation of graduate school yesterday.
I submitted a form asking for a Certificate of Graduation of graduate college yesterday.
Yesterday, I applied for a Certificate of Graduation of graduate college.
「卒業証明書」はcertificate of graduation で良いと思います。
"diploma"とすると卒業式で授与されるほうの「卒業証書」になってしまいますので、証明書として提出する書類とは異なってきてしまいます。
「大学院」の表記は"graduate school" というところと"graduate college" というところがあると思いますので、当てはまる方を使用してください。
「申請しました」は"apply for"でも通じますが、"要求フォームを提出しました"というニュアンスで"submit a form for asking ~" という表現もひとつ提案させていただきました。
Yesterdayは語順通り冒頭に持って来ても良いと思いますが、冒頭に持ってくると若干「昨日」申請した、ということが強調されるニュアンスになると思います。