回答
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support startups by the low-interest loan program(s) and the tax exemption system(s)
これは行政の仕事を説明するためのフレーズなのかなと推察します。
よって、サポート相手は一社ではないとみなし、startupを複数形にしています。
「起業」をstartupとしましたが、「起業家(達)」という意味ではentrepreneur(s)が使えます。
また、低金利の貸付プログラム、免税システムも、状況に応じて単数、複数を使い分けてください。
英語は単複を細やかに使い分けないといけないのが、日本語に慣れている私たちには大変なところですね。