たとえば在庫量の報告などをお願いするレターに書いておくイメージです。The form of your reply doesn't matter.っていう表現で合ってますか?
ご記載の英文も大丈夫ですよ。ただ、"The form of your reply"は少し冗長なので、"Your reply form"としてしまってよいかもしれません。また、文書の場合はできるだけ"doesn't"等の省略は行わず、"does not"と記載することをおすすめ致します。
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「回答様式は問いません」は「Answer format doesn't matter」を意味します。
「任意の回答様式を使用できます」「You can use any answer format you like」も言うことができます。