日本の風習に違和感を感じるって英語でなんて言うの？

●Certain➡「確かな、確実」という意味もありますが、ここでは、「特定の、一定の」という意味として使っています。
●Japanese customs➡日本の風習
●Make me feel uncomfortable➡～は自分に違和感を与える（違和感を感じさせる）
●I am uncomfortable/I feel uncomfortable➡心地良くない、違和感を感じる（違和感がある）

●Certain Japanese customsは、日本の風習全てではなく、ある特定の、一定の日本の風習
に違和感を抱くというニュアンスです。

◎『私は日本育ちだけど親が外国人です』

➡I was raised in Japan, but my parents are not Japanese.
「私は日本で育ったけれど、私の両親は日本人ではありません」
外国人と言わずに、日本人ではない、という言い方もあります。
➡My parents are from another country, but I grew up in Japan.
「両親は他の国から来ているけれど、私は日本で育ちました」

◎『日本特有の縦社会、気遣いに戸惑います』

➡I get confused by Japan's vertically structured society and Japanese people's way of showing concern for others.
●Get confused by→○○に戸惑う
●Vertically structured society→縦社会
●Japanese people's way of showing concern for others→日本人的な他者への気遣いの仕方

➡The vertical structure unique to Japanese society is confusing to me; I also don't really understand the Japanese way of caring for others.

●The vertical structure→縦構造
●Unique to Japanese society→日本社会特有の
●Confusing to me→私を混乱させる、困惑させる
●I also don't really understand→○○も私にはあまりよくわからない（理解し難い）
●The Japanese way of caring for others→日本人的な他者への気配り

日本人として育ち生活しているのに、外国人扱いされるのは理不尽ですね。
陰ながら応援しています！

少しでもご参考になれば嬉しいです。

日本の風習に違和感を感じるとそのまま言ってしまうと、差別的に解釈される場合がございますので、言葉を慎重に選ぶことが賢明かと思います。

ここは「Japan has its own set of rules and customs I'm not well-versed in」を提案しました。

「違和感」の代わりに「不慣れ」（well-versed in) にしたため、全く嫌気が無くなります。

逆に、「I feel uncomfortable with Japanese rules and customs」と言うと、「じゃあ、この国にはいない方がいいんじゃない？」と言うネガティブな反応を受ける可能性があります。