I don't know where to put the next part since there are no marks.
"印が無いので、どうセットすればいいか分からない。" は、
I don't know where to put the next part since there are no marks.
が伝わりやすいと思います。
”組み立てやすいように、マークをつけてもらっていい?”
Would you mark where to attach the parts to make this easier?
と言えば、マークをつけてもらえると思いますよ。