3つの英訳を挙げていますが、along がベストです!
なお、alongsideは、もっと小さい規模の場合に使われて、near / next to / close to / together with などと同じニュアンスになります。
e.g. I'll leave my bicycle alongside yours.
「あなたの自転車のすぐそばに私の自転車を置いていきます」
near は、必ずしも next to(~の隣に)の意味で使われるわけではありません。
close by(~の近くに)ということです。
ちなみに、nearbyは前置詞ではなく、形容詞・副詞なので、nearby the ...は文法的に誤りです。注意しましょう。
他にはこんな言い方も!
- There are two reservoirs parallel to Tokyo Bay.