I negotiated personally with a person of the store/shop, and made a contract with them.
「〜と直談判する」は "negotiate personally with 〜" や "negotiate with 〜 in person" と表現します。"in person" は「(代理ではなく)本人が直接に」ということを表します。
「契約を結ぶ」は "make/have a contract" "close a deal" "make an agreement" などのように言うことができます。
"them" は「そのお店(で働く人々)」を指します。