ニュアンスは伝わるんだけどどういう意味？って英語でなんて言うの？

「だいたい」という意味の roughly を使った、roughly understand （だいたい分かる）という表現で、「ニュアンスは伝わる」を表現してみました。

後半は、「それは正確にはどういう意味ですか？」という意味の文です。

What does it mean? （それはどういう意味ですか？）だけでも、意味を聞くことはできますが、質問者さんは、正確な意味を知りたいとのことですので、exactly（正確に、まさに）を付けました。

Exactly は相手が言っていることに、完全に同意していることを表現したい時にも使える表現で、相手の発言の後に、

Exactly.
（まさに／本当にそう）

と言うだけでOK の便利な表現です。使ってみてくださいね。

お役に立てれば幸いです。

ここで "I get the gist of it" とは「大意はつかめる」や「ニュアンスはわかる」といった意味です。"but what does it actually mean?" は「しかし、それは実際にどういう意味ですか？」と尋ねています。

これは生徒が先生に確認を求める際に適切な聞き方で、教室や学習の文脈で使用できます。