「だから、こんなにも臭かったのか」の意味です。
上の文脈だと、「ずっと思っていた」の部分は特に言わずにThat's why it was so smelly.
とだけ言うかなと思います。
今もまだ臭さが続いている感じで言いたければ、That's why it has been so smelly.と言っても良いと思います。
No wonder I could smell something bad. It's this rice ball that's been in your backpack for several days.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーNo wonder I could smell something bad. It's this rice ball that's been in your backpack for several days.
「どおりで何か臭いと思った。あなたのリュックに数日前から入っているおにぎりだったのね」
no wonder ... で「どおりで…」と言えます。
ご参考まで!