同じ会社ですが、店舗によってサービスが違います。って英語でなんて言うの？

The service they provide is different depending on the store.
お店によって提供しているサービスが違います。

Some (stores) offer duty-free but some don't.
免税対応のお店もありますが、そうでない店舗もあります。

ポイントは"depend on"「〜次第」という表現で、幅広く使えます。