The deadline is in two weeks. It would be greatly appreciated if you can submit it early if possible.
英文の日本語の直訳は、
「期限は2週間以内で、早ければ早いほどありがたいです」となります。
前置詞の in は「〜以内に」と言う期限を表します。この表現の中に「遅くとも」というニュアンスが含まれるので「遅くとも:at the latest」はあえて入れていません。
deadline「期限」
It would be greatly appreciated if ~ : 〜して頂けますと大変ありがたいです