蛇の抜け殻:a snake shed its skin
カニの抜け殻:a empty crab shell
など「抜け殻」に相当する英語表現はありますが、質問にある意味に相当する「抜け殻」の英語表現は思い当たりません。
シンプルに exhausted 「すごく疲れた」などとなります。
「抜け殻になって、もう何もやる気が起こらなくなってしまった」
質問者さんの文を英語にするとしたら、「抜け殻」になった出来事を述べて英語を作った方が自然な文になります。
After completing the big project, I had no more energy to do anything else.
「大きなプロジェクトをやりきった後、抜け殻になって、もう何もやる気が起こらなくなってしまった」