It is such a pity/ It is very sad that most of the shelter animals will be put to sleep.
put to sleep: 眠らせる(死に至るようにする)という意味ですね。
「可哀想に」は、It is (such) a pity / It is (very) sadなどと言うことができます。
wait for を用いて「死を待つ」と言う表現にをすることはあります。
The old dog is quietly awaiting his death.
「その老犬は静かに自分の死を待っている」