回答
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organize my desk
I should organize my desk. 「机を整理しなければならない。」
organizeは、もともとは「体系化する」という意味であり、使いやすいように整理をするというようなニュアンスが出ます。
ご参考になれば幸いです。
回答
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tydy up
すでに回答に上がっているorganize以外にも、tydy upを使っても「整理する」は表現できます。
I have to tydy up my desk.
「机を整理しないといけない」
もちろん「部屋を整理する」ならtydy up my roomと言えます。
ご参考になれば幸いですm(_ _)m