その時一緒にいなくてよかったねって英語でなんて言うの？

～でよかったね＝It's good that...
一緒にいなくてよかったね＝you were not with...
主語が「私と」であれば、
It's good that you were not with me

主語が「彼と／彼女と」であれば、
It's good that you were not with him/her

主語が「彼らと」であれば、
It's good that you were not with them

あの時＝at that time

是非参考にしてみてください。

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI'm glad we weren't together then. I probably would have taken out my frustrations on you.
「その時一緒にいなくてよかった。イライラを八つ当たりしていたかもしれない」
to take out on someone で「人に八つ当たりする」

ご参考まで！