外出中に手や喉に付いたバイ菌にバイバイするためだよ！って英語でなんて言うの？

3歳のお子さんに説明するならわかりやすい英語で説明するのが一番だと思います。 「To say goodbye to OO」や「To say bye-bye to OO」で【OOにバイバイするため】 OOに入る【ばい菌】は「bacteria/germs/virus」など色々な言い方がありますが、germsが一番わかりやすいかもしれません。 「外出中についたばい菌」だと文章が長く複雑になりそうなので「Coming from outside」で【お外からきたばい菌】というニュアンスにしてみました。