Why can't he eat meat although he isn't a vegetarian?
Why can't he, (being) not a vegetarian, eat meat although he is?
「なんで〇〇は、〇〇じゃないのに〇〇なの」の定形というわけではありませんが、
「どうして〜しないの(Why doesn't[cant'] 〜」
「〜ではないけれど(although 〜)」
の2つの組み合わせで言うのが、
Why can't he eat meat although he isn't a vegetarian?
です。
また、彼の後に「ベジタリアンではないのに」を挟んだ言い方が、
Why can't he, (being) not a vegetarian, eat meat although he is?
となります。
なお、2つ目の , (being) not a vegetarian, は
, although he's not a veretarian,
の意味ですので、これをこの位置で使ってもいいです。