なんで彼はベジタリアンじゃないのにお肉を食べないのって英語でなんて言うの？

「なんで〇〇は、〇〇じゃないのに〇〇なの」の定形というわけではありませんが、

　「どうして〜しないの（Why doesn't[cant'] 〜」
　「〜ではないけれど（although 〜)」

の２つの組み合わせで言うのが、

　Why can't he eat meat although he isn't a vegetarian?

です。
また、彼の後に「ベジタリアンではないのに」を挟んだ言い方が、

　Why can't he, (being) not a vegetarian, eat meat although he is?

となります。
なお、２つ目の , (being) not a vegetarian, は
　, although he's not a veretarian,
の意味ですので、これをこの位置で使ってもいいです。

おっしゃられている内容は以下のようにも表現できると思いました(^_^)
I know he isn't a vegetarian. Why doesn't he eat meat?
「直訳：　彼がベジタリアンではないのは分かっている。なぜ彼は肉を食べないんだ」

直訳すれば、こうですが、
ニュアンスとしては、「彼はベジタリアンではないはずなのに、どうして～」みたいな感じです。

元々の文が1文になっているからって、英語でも1文で表さないといけない　というルールはないので、
こういうふうに2文に分けて、簡単な文法で言ってみるというのも一つの手です。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)

★★大阪カフェレッスン英会話講師　KOGACHI