well-proportionedは「よく」の意味する「良い」の副詞のwellと「釣り合いのとれた」の意味をするproportionedという2語でできています。proportionedはもともとproportion、つまり「割合」「比率」という意味をもつ単語から来たものです。
ちなみに、well-proportionedは顔以外に体などを表現するときも、使うことができます。
If you want to be a model you need to have a well-proportioned body.
もしモデルになりたいと思うなら、均整のとれた体をもつ必要がある。