You gotta go to that restaurant when you visit Hakodate.
You are going to miss out if you don't go there. (上記とは別での部分)
You gotta goや You have to go で、絶対行った方がいいよというお勧めになります。
when you visit Hakodate は、when you go to Hakodate. とも言えます。
上記とは別で、の部分は、
You are going to miss out if you don't go there. miss out は、何かを逃すという意味で、日本語の「損するよ」に近いニュアンスです。