common とは一般的な、という意味ですが、よく使われていると言いたいときは、
commonly used という言い方もできます。
その場合、Which is more commonly used? となります。
どちらのほうがより一般的(に使われています)か、というフレーズで便利ですよ。
ぜひ、使ってみてください。
Yumiさんの回答の通り、which is more commonly used? を僕も使います。
これに表現、言い方の意味するexpressionをwhichの後ろにつけて質問すると「どちらの表現が...?」という意味になります。
また、popular「人気のある」を使って、
Which expression is more popular?
どっちの方が人気があるの=よく使われるの?
という言い方もできます。