「アプリ」→「App, Application」
「登録」→「To register」
英語は丁寧語、敬語、尊敬語などに分けてないので、
「Have you registered for the app?」はビジネスでもカジュアルでも使います。
「App」というのはそもそも「Application」の略した単語ですので、
「Have you registered for the application?」もオッケーです。
「アプリはご登録されていますか」というのは is the app/application registered で聞くことができます。
例文 Is the application registered?
「アプリはご登録されていますか?」
No I haven't registered it yet.
「いいえ。まだ登録していないです。」
参考になれば幸いです。