The line is choppy. はカジュアルな表現で、音がブツブツ切れることを表しています。
breaking up は普通は別れるという意味ですが、音が途切れる時にも使われます。
the line:回線
the connection:接続
聞き取れないときは I can't hear you. と伝え、スカイプのチャットを使って相手にメッセージを送ってみてください。
The connection is bad. I can't hear you very well.
I can't hear you very well.
I'm having trouble hearing you.
The connection is bad. I can't hear you very well.
→回線が悪いです、声が聞こえにくいです。
I can't hear you very well.
→よく聞こえません。
I'm having trouble hearing you.
→よく聞こえません。
「The connection is bad」は「回線が悪い」という意味です。
シンプルに「よく聞こえない」という言い方もできると思います。
「have trouble ~ing」は「~するのに苦労する, なかなか~できない」という意味です。
【例】
I have trouble waking up in the morning.
→私は寝起きが悪い。
I have trouble falling asleep.
→私は寝付きが悪いです。
ご質問ありがとうございました。