Please put your documents on the bottom of the pile.
Could you please put your file underneath all the other ones.
どちらの例文も「あなたの書類を一番下においてください」という言い方です。
書類は、document, paperwork, fileなどいろいろな言い方があります。
on the bottom of the pileは、書類の山の下という意味です。
underneath all the other onesのall the other onesは他の書類を指しており、他の書類の下という意味です。
ご参考まで！
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