メダカの水を入れ替えました。って英語でなんて言うの？

水槽は、fish tank や aquarium と言います。aquarium は水族館という意味もあります。
めだかは、killifish です。

例文「私はめだかを入れてある水槽の水を替えた。」

「金魚や動物を飼う」と言う場合は、have を使います。
I have some gold fish. 「私は金魚を飼っている。」
I have two dogs. 「私は犬を二匹飼っている。」

I changed the water in my medaka fish's bowl.
メダカ鉢の水替えをしました！

シンプルに"changed the water"でいいでしょう。
また、「金魚や動物を飼うは、keep？ have？」という質問ですが、
結果的には同じことですが、
have：（一般的にカジュアルな意味で）飼っている
keep：(haveに比べて）飼育している
というようなニュアンスの違いがあります。
一般的な日常会話ではペットに関しては"have"でいう事が多いです。

メダカの水槽の水換えをしました。
changed the water in a fish tank＝魚の水槽の水を換える
メダカ＝ Japanese killifish
メダカはその他Medaka fishやJapanese rice fishなども呼ばれますが、Japanese killifishが一番分かりやすいかと思います。あくまでペットの種類名なので、”my fish”と言いうのもよいのではないでしょうか？

動物を飼うはhave 、ownを日常会話ではよく使います。keepも間違ってはいませんが、文章での使用頻度が高いでしょう。
メダカの金魚鉢を掃除しました。
水を換えるということは水槽を掃除するということでもあるので、このような言い方もできます。また水槽は金魚鉢ならfish bowlと言います。