路線図が入り組んで理解できない、って英語でなんて言うの？

"hard to undestand 〇〇"で「理解するのが大変」となります。
"way too 〇〇（形容詞）"で「〇〇過ぎる」という表現です。
"complicated"で「複雑な」という意味なので「複雑過ぎる」となります。
別の表現としては"confusing"で「分かりにくい」という言い方もできます。
"hard to find which one I should take"で「どれに乗れば良いのかを見つけるのが大変」となります。

路線図は"Train route map"が一般的かと思います。

「The train route map is so intricate that it's hard to understand.」と伝えることができます。「intricate」は入り組んだ、複雑な、という意味で、何かが理解しにくいほど細部にわたって複雑である様を表します。「route map」は地図上で経路や方向を示したものですが、ここでは電車の路線図を意味します。

他のフレーズでは:

Figuring out Tokyo's rail network is quite challenging due to its complexity.
With private lines, JR, Metro, and Toei lines all intermingling, navigating the train system in Tokyo is overwhelming.