"run out"で「使い果たす」や「不足に陥る」などという意味があり、"time"と合わせることで「時間がなくなる」という意味になります。わりと耳に馴染みのある表現かと思います。
その他の言い方として"run short of time"という表現もできるかと思います。
時間を表す動詞として"run"を使うことがあり、ニュアンスとしては「時間が流れる」になるかと思います。
例えば、
もう時間がなくてなにもできないよーI have no time and I can't do anything now.
'Running short of', 'Running out of'の方がお金・もの・時間の場合はよく使います。
例えば、
もう時間がぎりぎりで、電車に乗れないと思うーI am totally running short of time and I
think I will miss my train.
お金が不足していて今月は贅沢できないよーI am running short of money this month so I can't even imagine to do luxury.
どうぞご参考までに。
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