1)I've made a payment via PayPal.
PayPal経由で支払いました。
最終支払いをしたのであれば、the final/last paymentにして下さい。
2)I've sent the money into your PayPal account.
あなたのPayPal口座に送金しました。
以下のような文章を最後に添えると、これからのポジティブな関係が築けそうですね。
Please let me know if there is any problem.「何か(支障が)あれば、ご連絡下さい。」
Looking forward to working with you!「一緒にお仕事できるのを楽しみにしています!」