I know you are considerate, but it sometimes makes matters confused.
ご質問の内容（説明）のニュアンスが見出しとは少し違うので、そちらに合わせました。
「心配かけるからって本当のことを言わない」ということを理解しているので、
considerate（気を回した、気を利かせた、思いやりがある）を使って
I know you are considerate (in not telling me the truth）
気を使って本当のことを言わないのはわかっている。
と言った上で、説明にあるそのマイナス点（混乱する）ということを、
make matters confused（混乱させる）
と指摘するという形がいいと思います。そこで後半は
but it makes matters/things confused
でもそれでは混乱する。
としました。
I know you're trying to be considerate, but actually you're just making things worse.
おっしゃられている内容は、以下のように表現できると思いました(*^_^*)
What you're doing has backfired.
「あなたのやっていることは裏目に出ている/逆効果になっている」
I know you're trying to be considerate, but actually you're just making things worse.
「あなたが配慮をしようとしているのは分かっていますが、実際はあなたは状況を悪くさせているだけなのです」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
日本 
