1) chose instinctively「直観的に決断した」chose logically「論理的に決断した」
The decision I chose instinctively was wrong, and the decision I chose logically was too suffocating to stick with.
「直観的に導いた決断は間違っていたし、論理的に決断したのは続けるには息苦し過ぎた。」
2) trusted my gut feeling 「自分の勘を信じた」followed logic「理屈通りにした」
When I trusted my gut feeling, the decision was wrong. However, when I followed logic, the decision was too suffocating to stick with.
「自分の勘を信じたら、決断は間違っていた。でも、論理的に導いたら、その決断は息苦しすぎて続かなかった。」
stick with...「…のそばにいる」つまり、「…を続ける・従う」
suffocating 「息苦しい」の代わりに、stressful「（精神的に）疲れやすい」や、 difficult「難しい」などの形容詞にしてもナチュラルです。
ご参照有難うございました！
impulsively=「衝動的に」
内容を具体的な例文に変えてみました。
The company I chose impulsively went out of business, and the one I chose logically gave me so much stress that I couldn’t hold on to it more than three months.
「衝動的に選んだ会社は倒産し、理論的に選んだ会社はあまりにもストレスが多く、3か月以上続けることが出来なかった」
impulsively=「衝動的に」
go out of business＝「倒産する」
logically＝「理論的に」
give stress＝「ストレスを与える」
hold on to～＝「～にしがみつく、維持し続ける」
ご参考まで
ニュージーランド 
日本 
