My proposal doesn't cover the advise from our boss,
I would like you to revise it after careful consideration?
指摘をadviseとしてみました。
直訳
私の提案は上司からの指示に対応していないので、充分な検討の上で修正して頂けますか?
Coverと同様にrespond to でも同義になります。
after careful consideration
「充分な検討の結果」「充分な検討の後」といった意味でよく使われる熟語です。